На сайте участвует только регион из Контрагента, регион из Пользователя никак не участвует на сайте.
При первом входе будет выбран регион из Контрагента. Если он не заполнен, то в сессию будет записан регион, по умолчанию, который выбран в контроле. Если не заполнен и там регион, то будет пустой.
После смены региона руками, он будет записан в сессию пользователя.
Необходимо в контроле "Наполнение. Текущий регион пользователя" при добавлении на страницу указать регион по умолчанию.
Для типового дизайна контрол добавлен в переменную "header-region-and-phone" и доступен по следующему пути "Панель управления сайтом - Наполнение сайта - Страницы/Переменные - Переменные - header - header-region-and-phone"